EBko Kontseilua, Kontseilua ere deitua, herrialde kide bakoitzeko gobernuetako ministro sektorialek osatzen dute, eta horiek bildu egiten dira legegintzako neurriak eztabaidatu, aldatu eta hartzeko eta dagozkien politikak koordinatzeko. Ministro bakoitzak eskumenak ditu bere gobernuaren izenean konpromisoak hartzeko, bileretan adostutako jarduerei dagokienez.

Autonomia-erkidego bakoitzaren parte-hartzea autonomia-erkidego guztien izenean eta ordezkaritzan egiten da beti, gobernu zentralaren ordezkaritzarekin batera. Arau orokor gisa, txandaka parte hartzen da sei hilabeteko aldietan, gai-arlo bakoitzeko. Oro har, Nafarroak seihileko tematiko bat koordinatzen du urtero. Horrela, 2021ean nekazaritza koordinatu zuen eta seihileko horretan NPBren (Nekazaritza Politika Bateratua) erreforma onartu zen, 2020an gazteria eta kirola, 2019an kontsumoa eta lehia. Parte-hartze hori jarrera komun itunduen bidez bideratzen da, eta horrek eragina izan dezake EBko Kontseiluaren legegintza-testu baten edo beste izaera bateko testu baten onarpenean.

Ez nahastu Kontseilu Europarrarekin, estatu kideetako estatuburuek edo gobernuburuek eta Europako Batzordeko presidenteak osatutako Europar Batasuneko erakundea baita, eta Europar Batasuneko politikak planifikatzen baititu; ezta Europako Kontseiluarekin ere, Estrasburgon egoitza duen nazioarteko erakundearekin, Europako 46 herrialde baititu kideen artean. Demokrazia sustatzeko eta Europan giza eskubideak eta zuzenbide-estatua babesteko sortu zen.

Europako Parlamentuak legegilekide gisa jarduten du, eta Kontseiluarekin partekatzen ditu legegintza-proposamenak onartu eta aldatzeko eta EBren aurrekontuari buruz erabakitzeko ahalak. Batzordearen eta EBko beste organo batzuen jarduera ere gainbegiratzen du, eta EBko estatu kideetako parlamentuekin lankidetzan aritzen da. Estatu kideetako herritarrek zuzenean aukeratzen dituzte Europako Parlamentuko diputatuak, botoa emanez. Gaur egun 705 dira. Herrialde bakoitzeko eurodiputatu kopurua gutxi gorabehera biztanleriaren araberakoa da.

Nafarroak Europako Parlamentuan parte hartzen du, Nafarroako hainbat alderdi politikotako ordezkarien bitartez. Horietako bakoitzak gaikako batzorde parlamentarioetan parte hartzen du, hala nola IMCO - Barne Merkatuko eta Kontsumitzailearen Babeseko Batzordea, ENVI Ingurumen, Osasun Publiko eta Elikagaien Segurtasuneko Batzordea edo LIBE Askatasun Zibil, Justizia eta Barne Gaietarako Batzordea.

Nafarroa Europar Batasunarekin Lotutako Gaietarako Biltzarreko (CARUE) kidea da. Estatuaren eta autonomia-erkidegoen arteko lankidetzarako organoa da, eta bere eginkizuna da gobernu autonomikoen parte-hartzea erraztea beren eskumenei eragiten dieten erkidegoko politika guztietan. Parte-hartze horren bidez, Estatuak EBren aurrean duen jarrera komuna finkatzen da.

Herritarrekiko Harremanetako sailburua da CARUE taldeko kide titularra, eta Kanpo Harremanetarako zuzendari nagusia da Kanpo Arazoetako, Europar Batasuneko eta Lankidetzako Ministerioa buru duen lantalde horretako kide ordezkoa.

Europako Batzordea hogeita zazpi komisariok osatzen dute, EBko estatu kide bakoitzeko bana. Batzordea da EBren politikaren motorra, berari baitagokio EBko Kontseiluari eta Europako Parlamentuari legegintza-proposamenak aurkeztea. Era berean, Batzordea «Batasuneko Zuzenbidearen zaindaria» da, eta estatu kideek Batasunetik eratorritako lehen mailako zuzenbidea aplikatzen eta betearazten dutela kontrolatzen du; Erkidegoko interesen ordezkaria da. Funtsean, EBko organo betearazlea edo gobernu-organoa da, eta, eremu jakin batzuetan, erabakiak proposatzen dizkie Parlamentuari eta Kontseiluari.

Nafarroak Europako Batzordearen erabakietan parte hartzen du, segizioaren bitartez. Komitologia prozedura multzo bat da, EBko herrialdeek Europako Batzordeak legeria aplikatzeko duen modua ikuskatzeko erabiltzen dutena. Arau juridiko bat aplikatu ahal izateko, Batzordeak lehenik eta behin kontsulta egin behar dio estatu kide guztiak ordezkatuta dituen komite bati, arau hori betearazteko proposatzen dituen neurri zehatzei buruz. 2018-2021 aldian, Nafarroak askotariko gaietako 17 batzordetan parte hartu zuen.

Erakunde Komunitario honi dagozkion gaietan, Nafarroak zuzenean eta aktiboki parte hartzen du Kanpo Harremanetarako Zuzendaritza Nagusiaren bitartez, Horizonte Europa Programaren moduko gaietan, non I+G+B (berrikuntza, garapena eta ikerketa) arloko Europako finantzaketa atera daitekeen.

Eskualdeen Europako Komitea (EL) EBko eskualdeen eta herrien ahotsa da. Kontsulta-organo gisa jarduten du, eta Europako Batzordeak, Kontseiluak eta Europako Parlamentuak kontsulta egin behar diote Erkidegoko eremuetan eskualde-eragina duen funtsezko edozein gairi buruz; horrek EBko legegintza-ekoizpenaren bi heren baino gehiago ordezkatzen du. Ekimen-irizpenak ere eman ditzake, eta, horri esker, tokiko eta eskualdeko erakundeak kezkatzen dituzten gaiak sar daitezke Europako agendan.

Eskualdeen Europako Komiteak (EL) urtean 6 osoko bilkura egiten ditu gehienez, eta EBko 27 estatu kideetako eskualdeetako eta tokiko agintaritzen 353 ordezkarik osatzen dute. ELren Espainiako ordezkaritzak autonomia-erkidegoetako eta toki-erakundeetako ordezkariak biltzen ditu (normalean, autonomia-erkidegoetako presidenteak eta alkateak).

Nafarroako Foru Komunitatearen ordezkaria Gobernuko lehendakaria da, eta txandakako kidea Kanpo Harremanetarako zuzendari nagusia. Nafarroak eginkizun garrantzitsua du organo politiko honen parlamentuko 2 batzordetan: Politika Ekonomikoaren Batzordean (ECON, ingelesezko siglak) eta Gizarte Politika, Hezkuntza, Enplegu, Ikerketa eta Kulturarren Batzordean (SEDEC, ingelesezko laburdura ere). ECON batzordean, Nafarroako Bulegoak, Europar Batasunaren aurrean, konpromisoa du 2020tik bilerak jarraitzeko eta gainerako autonomia-erkidegoei informazioa emateko, bileren aktak eginez.

Nafarroak ere, Bruselan duen ordezkaritzaren bitartez, aktiboki parte hartzen du Autoen Sektorearen Etorkizuna eskualdearteko taldean, automobilgintzari buruzkoan. Testuinguru horretan, goi-mailako bi ekitaldi antolatzen dira urtero. Gainera, ordezkaritzak osasunari buruzko taldean parte hartzen du, eta lankidetza hori ekitaldien antolaketan ere gauzatzen da.

Beste batzorde batzuk: CIVEX, COTER, ENVE, NAT eta eskualde arteko beste talde batzuk: Itsaso Baltikoko Eskualdeak, Brexit, Karpatoak, Mugaz gaindiko Lankidetza, Osasuna eta Ongizatea, Uharteetako Eskualdeak.

Nafarroako Bulegoak, Europar Batasunaren aurrean, lankidetza aktiboa du Bruselako beste ordezkaritza autonomikoekin, lankidetza informaleko esparru baten bidez. Esparru horri esker, Europako politikei buruzko informazioa trukatu ahal izango da, eta Europako erakundeetako eragileekin bildu ahal izango da.

Sei hilean behin, ordezkaritza batek bere gain hartzen du gainerakoen koordinazioa, eta lankidetza Europako erakundeetako zuzendariekin bilerak antolatzean gauzatzen da, gai interesgarriei buruz hitz egiteko. 2021eko bigarren seihilekoan, adibidez, Nafarroak Bruselan duen ordezkaritzak bere gain hartu zuen koordinazio hori, eta horren ondorioz 12 bilera egin ziren Europako Batzordeko ordezkariekin, GROW (Barne Merkatua, Industria, Ekintzailetza eta Enpresa Txiki eta Ertainak) eta AGRI (Nekazaritza eta Landa Garapena) Zuzendaritza Nagusietako ordezkariekin, Europako Batzordeko presidentearen kabineteko kide batekin, Europako Parlamentuko eta EBko Kontseiluko zuzendariekin, besteak beste.